Een single-cell transcriptoom atlas van de menselijke alvleesklier

Wetenschappers van het Hubrecht Instituut zijn erin geslaagd om een single-cell transcriptoom atlas van de menselijke alvleesklier te maken. Met behulp van een robotisch platform, hebben de wetenschappers duizenden alvleeskliercellen gesequenced en de transcriptomische handtekening van elke individuele celtype bepaald. Met dit platform werd gezocht naar nieuwe celtype-specifieke genen en markers om de verschillende celtypen van de alvleesklier te zuiveren. De studie is deze week gepubliceerd op de website van Cell Systems.

Om te begrijpen hoe een orgaan functioneert (en hoe het soms niet functioneert) is het belangrijk om te weten uit welke cellen het orgaan bestaat. Dit is een bijzondere uitdaging voor menselijke weefsels, zoals de alvleesklier, met name door het gebrek aan betrouwbare markers voor de celtypes. Onder leiding van Alexander van Oudenaarden, directeur van het Hubrecht Instituut, en groepsleider Eelco de Koning ontwikkelden de wetenschappers een ‘high-throughput’ robotica platform voor single-cell mRNA sequencing van duizenden menselijke alvleeskliercellen.

Het StemID algoritme was in staat om alle celtypen, waarvan bekend was dat ze zich in de alvleesklier bevinden, te detecteren met behulp van het transcriptoom van deze cellen. Dit is een belangrijke stap voorwaarts voor het karakteriseren van niet alleen de veel-aanwezige cellen, maar ook van de zeldzame cellen die de eilandjes van Langerhans omvat, waaronder de insuline-producerende bèta-cellen in de alvleesklier. Door de menselijke alvleesklier op single-cell niveau te analyseren was het mogelijk om de subpopulaties van acinaire- en bèta-cellen, maar ook om nieuwe celtype-specifieke transcriptiefactoren te identificeren. Daarnaast werden er markers op het celoppervlak gevonden die gebruikt kunnen worden om de verschillende celtypen te isoleren na dispersie van het orgaan. Deze zuivering zal helpen bij het opzetten experimenten om de functionele betekenis van deze cellen te evalueren.

Deze uitkomsten van het onderzoek zijn zeer nuttig om de transcriptionele samenstelling van de celtypes van de alvleesklier te begrijpen. Dit is waardevolle informatie om nieuwe therapeutische aanknopingspunten te vinden voor de behandeling van aandoeningen aan de alvleesklier zoals diabetes mellitus.

Online article: http://www.cell.com/cell-systems/fulltext/S2405-4712(16)30292-7