Over Ons
Onderzoeksgroepen
Vrienden
Terug naar onderzoeksgroepen
De Van Oudenaarden groep gebruikt een combinatie van experimentele, computationele en theoretische benaderingen om de besluitvorming in cellen te kwantificeren. Het onderzoek is met name gericht op vragen uit de ontwikkelings- en stamcelbiologie.
Wij zijn geïnteresseerd in hoe cellen netwerken van genen gebruiken in de besluitvorming, zelfs wanneer de genexpressie fluctueert. Hiervoor gebruiken en ontwikkelen wij een breed scala aan single-cell-methoden, waaronder sequencing en kwantitatieve imagingtechnieken.
Binnen de grenzen van afzonderlijke cellen kunnen minieme veranderingen in de concentratie of ruimtelijke ordening van moleculen aanzienlijke effecten bewerkstelligen. Een transcriptiefactor die even vaak voorkomt in twee dezelfde cellen kan bijvoorbeeld worden gebonden aan een promotor in de ene en ongebonden in de andere, afhankelijk van de dictaten van de statistische mechanica. De eiwitproductie zou in de ene cel beginnen en niet in de andere, de fluctuatie versterken en elke cel naar een ander lot drijven. Een identiek genotype en een identieke groeiomgeving zijn dus onvoldoende om te verzekeren dat twee cellen dezelfde fenotypen zullen ontwikkelen. Een belangrijk doel van ons onderzoek is het identificeren en onderscheiden van de talloze mogelijke oorzaken van deze variabiliteit, begrijpen welke biologisch belangrijk zijn, welke niet, en vaste cijfers toekennen aan deze variabelen.
Aangezien het steeds duidelijker wordt dat genexpressie in individuele cellen significant afwijkt van het gemiddelde gedrag van celpopulaties, zijn nieuwe methoden nodig die nauwkeurige tellingen verschaffen van mRNA-kopieën in individuele cellen. We ontwikkelen nieuwe in situ-methoden en op sequenties gebaseerde methoden om transcriptieniveaus in afzonderlijke cellen te kwantificeren.
MicroRNA’s (miRNA’s) zijn korte, sterk geconserveerde niet-coderende RNA-moleculen die de genexpressie op een sequentieafhankelijke manier onderdrukken. MiRNA’s reguleren eiwitsynthese in het celcytoplasma door de afbraak van doelwit-mRNA’s te bevorderen en/of hun translatie te remmen. Hun belang wordt gesuggereerd door de voorspellingen dat elk miRNA honderden genen als doel heeft en dat de meerderheid van de eiwitcoderende genen miRNA-doelen zijn; door hun overvloed, met enkele miRNA’s uitgedrukt tot 50 duizend kopieën per cel; en door hun sequentiebehoud, met enkele miRNA’s geconserveerd van zee-egels tot mensen.
MiRNA’s kunnen een grote verscheidenheid aan cellulaire processen regelen, van differentiatie en proliferatie tot apoptose. MiRNA’s verlenen ook robuustheid aan systemen door het stabiliseren van de genexpressie tijdens stress en in overgangen tijdens de ontwikkeling. In ons lab gebruiken we een combinatie van kwantitatieve single-cell-experimenten en computer/in silico-modellen om de miRNA-regulatie te onderzoeken. We zijn vooral geïnteresseerd in hoe miRNA’s drempels kunnen genereren in doelwitgenexpressie en feedforward- en feedbackloops in gennetwerken kunnen bewerkstelligen.
J. van den Berg, V. van Batenburg, , C. Geisenberger, R.B. Tjeerdsma, A. de Jaime-Soguero, S.P. Acebrón, M.A.T. M. van Vugt, A. van Oudenaarden
Download|2024
J. Yeung, M. Florescu, P. Zeller, B.A. de Barbanson, M.D. Wellenstein, A. van Oudenaarden
Download|2023
P. Zeller, J. Yeung, H. Viñas Gaza, B.A. de Barbanson, V. Bhardwaj, M. Florescu, R. van der Linden, A. van Oudenaarden
F. Salmen, J. De Jonghe, T.S. Kaminski, A. Alemany, G.E. Parada, J. Verity-Legg, Ayaka Yanagida, T.N. Kohler, N. Battich, F. van den Brekel, A.L. Ellermann, A. Martinez Arias, J. Nichols, M. Hemberg, F. Hollfelder, A. van Oudenaarden
Download|2022
L. Kester, B. de Barbanson, A. Lyubimova, L.T. Chen, V. van der Schrier, A. Alemany, D. Mooijman, J. Peterson-Maduro, J. Drost, J. de Ridder, A. van Oudenaarden
M. VanInsberghe, J. van den Berg, A. Andersson-Rolf, H. Clevers, A. van Oudenaarden
Download|2021
N. Moris, K. Anlas, S. C. van den Brink, A. Alemany, J. Schröder, S. Ghimire, T. Balayo, A. van Oudenaarden and A. Martinez Arias
Download|2020
N. Battich, J. Beumer, B. de Barbanson, L. Krenning, C. S. Baron, M. E. Tanenbaum, H. Clevers and A. van Oudenaarden
S. C. van den Brink, A. Alemany, V. van Batenburg, N. Moris, M. Blotenburg, J. Vivié, P. Baillie-Johnson, J. Nichols, K. F. Sonnen, A. Martinez Arias and A. van Oudenaarden
C. S. Baron and A. van Oudenaarden
Download|2019
C. S. Baron, A. Barve, M. J. Muraro, R. van der Linden, G. Dharmadhikari, A. Lyubimova, E. J. P. de Koning, and A. van Oudenaarden
J. C. Boisset, J. Vivié, D. Grün, M. J. Muraro, A. Lyubimova, and A. van Oudenaarden
Download|2018
L. Kester and A. van Oudenaarden
A. Alemany, M. Florescu, C. S. Baron, J. Peterson-Maduro, and A. van Oudenaarden
S. C. van den Brink, F. Sage, Á. Vértesy, B. Spanjaard, J. Peterson-Maduro, C. S. Baron, C. Robin, and A. van Oudenaarden
Download|2017
D. Grün, M. J. Muraro, J. C. Boisset, K. Wiebrands, A. Lyubimova, G. Dharmadhikari, M. van den Born, J. van Es, E. Jansen, H. Clevers, E.J.P. de Koning, and A. van Oudenaarden
Download|2016
M. J. Muraro, G. Dharmadhikari, D. Grün, N. Groen, T. Dielen, E. Jansen, L. van Gurp, M. A. Engelse, F. Carlotti, E.J.P. de Koning, and A. van Oudenaarden
D. Mooijman, S. S. Dey, J. C. Boisset, N. Crosetto, and A. van Oudenaarden
D. Grün, A. Lyubimova, L. Kester, K. Wiebrands, O. Basak, N. Sasaki, H. Clevers, and A. van Oudenaarden
Download|2015
S. S. Dey, L. Kester, B. Spanjaard, M. Bienko, and A. van Oudenaarden
D. Grün and A. van Oudenaarden
J. M. Schmiedel, S. L. Klemm, Y. Zheng, A. Sahay, N. Blüthgen, D. S. Marks, and A. van Oudenaarden
J. P. Junker, E. S. Noel, V. Guryev, K. A. Peterson, G. Shah, J. Huisken, A. P. McMahon, E. J. Berezikov, J. Bakkers, and A. van Oudenaarden
Download|2014
S.C. van den Brink, A. van Oudenaarden
Download|202109
M. Sen, D. Mooijman, A. Chialastri, J.C. Boisset, M. Popovic, B. Heindryckx, S.M. Chuva de Sousa Lopes , S.S. Dey, A. van Oudenaarden
Download|20210224
Á. Vértesy, W. Arindrarto, M. S. Roost, B. Reinius, V. Torrens-Juaneda, M. Bialecka, I. Moustakas, Y. Ariyurek, E. Kuijk, H. Mei, R. Sandberg, A. van Oudenaarden, and S. M. Chuva de Sousa Lopes
Download|20181004
N. C. Rivron, J. Frias-Aldeguer, E. Vrij, J. C. Boisset, J. Korving, J. Vivié, R. Truckenmüller, A. van Oudenaarden, C. A. van Blitterswijk, and N. Geijsen
Download|20180504
S. Semrau, J. E. Goldmann, M. Soumillon, T. S. Mikkelsen, R. Jaenisch, and A. van Oudenaarden
Download|20170201
C. L. Scheele, E. Hannezo, M. J. Muraro, A. Zomer, N. S. Langedijk, A. van Oudenaarden, B. D. Simons, and J. van Rheenen
O. Basak, J Beumer, K. Wiebrands, H. Seno, A. van Oudenaarden, and H. Clevers
P. W. Tetteh, O. Basak, H. F. Farin, K. Wiebrands, K. Kretzschmar, H. Begthel, M. van den Born, J. Korving, F. de Sauvage, J. H. van Es, A. van Oudenaarden, and H. Clevers
Download|20160201
D. A. Jaitin, A. Weiner, I. Yofe, D. Lara-Astiaso, H. Keren-Shaul, E. David, T. M. Salame, A. Tanay, A. van Oudenaarden, and I. Amit
Download|20160204
E. Beerling, D. Seinstra, E. de Wit, L. Kester, D. van der Velden, C. Maynard, R. Schäfer, P. van Diest, E. Voest, A. van Oudenaarden, N. Vrisekoop, and J. van Rheenen
Download|20160205
C. C. Wu, F. Kruse, M. D. Vasudevarao, J. P. Junker, D. C. Zebrowski, K. Fischer, E. S. Noël, D. Grün, E. Berezikov, F. B. Engel, A. van Oudenaarden, G. Weidinger, and J. Bakkers
S. Semrau and A. van Oudenaarden
Download|20150201
N. Slavov, S. Semrau, E. Airoldi, B. Budnik, and A. van Oudenaarden
J. Schuijers, J. P. Junker, M. Mokry, P. Hatzis, B. K. Koo, V. Sasselli, L. G. van der Flier, E. Cuppen, A. van Oudenaarden, and H. Clevers
J. Kind, L. Pagie, S. S. de Vries, L. Nahidiazar, S. S. Dey, M. Bienko, Y. Zhan, B. Lajoie, C. A. de Graaf, M. Amendola, G. Fudenberg, M. Imakaev, L. A. Mirny, K. Jalink, J. Dekker, A. van Oudenaarden, and B. van Steensel
J. S. van Zon, S. Kienle, G. Huelsz-Prince, M. Barkoulas, and A. van Oudenaarden
D. Grün, L. Kester, and A. van Oudenaarden
Download|20141122
J. P. Junker, K. A. Peterson, Y. Nishi, J. Mao, A. P. McMahon, and A. van Oudenaarden
Download|20140401
R. A. Mentink, T. C. Middelkoop L. Rella, N. Ji, C. Y. Tang, M. C. Betist, A. van Oudenaarden, and H. C. Korswagen
A. Barreca, C. Martinengo, L. Annaratone, L. Righi, A. Chiappella, M. Ladetto, A. Demurtas, L. Chiusa, A. Stacchini, N. Crosetto, A. van Oudenaarden, and R. Chiarle
Download|20140404
N. Slavov, B. A. Budnik, D. Schwab, E. M. Airoldi, and A. van Oudenaarden
S. Klemm, S. Semrau, K. Wiebrands, D. Mooijman, D. A. Faddah, R. Jaenisch, and A. van Oudenaarden
J. P. Junker and A. van Oudenaarden
V. Almendro, Y. K. Cheng, A. Randles, S. Itzkovitz, A. Marusyk, E. Ametller, X. Gonzalez-Farre, M. Muñoz, H. G. Russnes, A. Helland, I. H. Rye, A. L. Borresen-Dale, R. Maruyama, A. van Oudenaarden, M. Dowsett, R. L. Jones, J. Reis-Filho, P. Gascon, M. Gönen, F. Michor, and K. Polyak
Download|20140402
V. Almendro, H. J. Kim, Y. K. Cheng, M. Gönen, S. Itzkovitz, P. Argani, A. van Oudenaarden, S. Sukumar, F. Michor, and K. Polyak
J. R. Alvarez-Dominguez, W. Hu, B. Yuan, J. Shi , S. S. Park, A. A. Gromatzk, A. van Oudenaarden, and H. F. Lodish
S. Semrau, N. Crosetto, M. Bienko, M. Boni, P. Bernasconi, R. Chiarle, and A. van Oudenaarden
L. Teytelman, D. M. Thurtle, J. Rine, and A. van Oudenaarden
Download|20130401
N. Ji, T. C. Middelkoop, R. A. Mentink, M. C. Betist, S. Tonegawa, D. Mooijman, H. C. Korswagen, and A. van Oudenaarden
D. H. Kim, D. Grün, and A. van Oudenaarden
A. Lyubimova, S. Itzkovitz, J. P. Junker, Z. P. Fan, X. Wu, and A. van Oudenaarden
C. H. Hansen and A. van Oudenaarden
M. Fang, H. Xie, S. K. Dougan, H. Ploegh, and A. van Oudenaarden
G. Neuert, B. Munsky, R. Z. Tan, L. Teytelman, M. Khammash, and A. van Oudenaarden
M. Barkoulas, J. S. van Zon, J. Milloz, A. van Oudenaarden, and M. A. Félix
R. Z. Tan, N. Ji, R. A. Mentink, H. C. Korswagen, and A. van Oudenaarden
Download|20130404
M. Bienko, N. Crosetto, L. Teytelman, S. Klemm, S. Itzkovitz, and A. van Oudenaarden
N. Barker, A. van Oudenaarden, and H. Clevers
Download|20120401
B. Munsky, G. Neuert, and A. van Oudenaarden
Download|20120406
Y. Buganim, D. A. Faddah, A. W. Cheng, E. Itskovich, S. Markoulaki, K. Ganz, S. L. Klemm, A. van Oudenaarden, and R. Jaenisch
W. Guo, Z. Keckesova, J. L. Donaher, T. Shibue, V. Tischler, F. Reinhardt, S. Itzkovitz, A. Noske, U. Zürrer-Härdi, G. Bell, W. L. Tam, S. A. Mani, A. van Oudenaarden, and R. A. Weinberg
Download|20120405
S. Bumgarner, G. Neuert, B. F. Voight, A. Symbor-Nagrabska, P. Grisafi, A. van Oudenaarden, and G. R. Fink
S. Itzkovitz, A. Lyubimova, I.C. Blat, M. Maynard, J. van Es, J. Lees, T. Jacks, H. Clevers, A. van Oudenaarden
S. Itzkovitz, I. Blat, T. Jacks, H. Clevers, and A. van Oudenaarden
S. Itzkovitz and A. van Oudenaarden
Download|20110401
S. Mukherji, M.S. Ebert, G. X. Y. Zheng, J.S. Tsang, P.A. Sharp, and A. van Oudenaarden
G. Balázsi, A. van Oudenaarden, and J.J. Collins
M. Acar, B.F. Pando, F.H. Arnold, M.B. Elowitz, and A. van Oudenaarden
Download|20100402
J.S. Tsang, M.S. Ebert, and A. van Oudenaarden
Download|20100401
Q. Yang, B. F. Pando, G. Dong, S. S. Golden, and A. van Oudenaarden
A. Raj, S.A. Rifkin, E. Andersen, and A. van Oudenaarden
S. Mukherji and A. van Oudenaarden
Download|20090401
H. Youk and A. van Oudenaarden
D. Muzzey, C. Gomez-Uribe, J.T. Mettetal, and A. van Oudenaarden
J. Gore, H. Youk, and A. van Oudenaarden
A. Raj and A. van Oudenaarden
Download|20080401
A. Raj, P. van den Bogaard, S.A. Rifkin, A. van Oudenaarden, and S. Tyagi
M. Acar, J.T. Mettetal, and A. van Oudenaarden
J.T. Mettetal, D. Muzzey, C. Gomez-Uribe, and A. van Oudenaarden
J.R. Chabot, J.M. Pedraza, P. Luitel, and A. van Oudenaarden
Download|20070501
H.N. Lim and A. van Oudenaarden
J. Tsang, J. Zhu, and A. van Oudenaarden
M. Acar, A. Becskei, and A. van Oudenaarden
Download|20050501
J.M. Pedraza and A. van Oudenaarden
A. Becskei, B.B. Kaufmann, and A. van Oudenaarden
E.M. Ozbudak, M. Thattai, H.N. Lim, B.I. Shraiman, and A. van Oudenaarden
Download|20040501
A. Becskei, M.G. Boselli, and A. van Oudenaarden
E. Ozbudak, M. Thattai, I. Kurtser, A.D. Grossman and A. van Oudenaarden
Download|20020501
M. Thattai and A. van Oudenaarden
Download|20010501
Alexander van Oudenaarden is groepsleider bij het Hubrecht Institute, hoogleraar Kwantitatieve Biologie van Genregulatie bij het Universitair Medisch Centrum Utrecht en de Universiteit Utrecht en Investigator bij Oncode Institute. De Van Oudenaarden groep combineert biologie met natuurkunde en informatica om inzicht te krijgen in de kwantitatieve ontwikkelingsbiologie en stamcellen. De onderzoekers ontwikkelen nieuwe technieken voor het kwantificeren van genexpressie en bestuderen de regulatie van genexpressie in individuele cellen. Alexander van Oudenaarden is een van de pioniers van de single-cell RNA-sequencing en zijn lab heeft verschillende bioinformatica-tools ontwikkeld om deze data nauwkeurig te analyseren. Hun voornaamste interesse is het onderzoeken van de mechanismen waarmee cellen met hetzelfde genotype en dezelfde omgeving toch verschillende fenotypen ontwikkelen.
Wetenschappelijke ontwikkeling en posities
Lees minder
Prijzen
Andere activiteiten
Curriculum Vitae
Linkedin
ResearchGate
Contact
Group Leader
Technician
Senior Researcher
Postdoc
PhD Student
Other
Show all group members
