Kind: Chromatine-verdeling

Terug naar onderzoeksgroepen

De Kind groep bestudeert de regulatie van genexpressie in individuele cellen door middel van het ontwikkelen van nieuwe technieken gebaseerd op microscopie en genomica.

Het genomische tijdperk heeft ons begrip van cellulaire processen en ziektemechanismen sterk vergroot. Toch is onze kennis over genoomregulatie gebaseerd op datasets van grote celpopulaties, die ons alleen een gemiddelde interpretatie geven van het biologische systeem en bestaande cel-cel-heterogeniciteit niet meerekenen.

Om moleculaire processen in individuele cellen te ontrafelen en de volledige complexiteit van biologische systemen te begrijpen, passen wij nieuwe microscopie- en genomics-gebaseerde technieken toe en ontwikkelen wij deze, zodat we de regulatie van genexpressie in afzonderlijke cellen kunnen bestuderen. We hebben een hulpmiddel ontwikkeld om de genoomarchitectuur in levende cellen in beeld te brengen en, recentelijk, een methode om DNA-eiwitinteracties met hoge resolutie in afzonderlijke cellen te profileren. Met deze technieken willen we duidelijk maken wat de rol is van genoomarchitectuur en chromatinecontext in het reguleren van de temporele en spatiale controle van genexpressie bij ontwikkeling en ziekte.

Meer zien

Key publicationsView all publications

Combinatorial single-cell profiling of major chromatin types with MAbID

Lochs SJA, van der Weide RH, [...] Kind J

Nature Methods 21:72–82

Download|2023

Single-cell profiling of transcriptome and histone modifications with EpiDamID

Rang FJ, de Luca, KL, de Vries SS [...] Kimura H, Bakkers J and Kind J

Molecular Cell 82: 1-15

Download|2022

Simultaneous quantification of protein-DNA interactions and transcriptomes in single cells with scDam&T-seq

Markodimitraki CM, Rang FJ [...] Dey SS and Kind J

Nature Protocols 6:1922-1953.

Download|2020

Simultaneous quantification of protein–DNA contacts and transcriptomes in single cells

Rooijers K, Markodimitraki CM [...] Dey SS and Kind J

Nature Biotechnology 37:766-772

Download|2019

Genome–lamina interactions are established de novo in the early mouse embryo

Borsos M, Perricone SM [...] Torres-Padilla M and Kind J

Nature 569: 429-433

Download|2019

Spatial chromatin organization and gene regulation at the nuclear lamina

Guerreiro I and Kind J

Curr Opin Genet Dev 55:19-25

Download|2019

Genome-wide maps of nuclear lamina interactions in single human cells.

Kind J, Pagie L [...] van Oudenaarden A and van Steensel B

Cell 163: 134-147.

Download|2015

Single-cell dynamics of genome-nuclear lamina interactions.

Kind J, Pagie L [...] Bickmore WA and van Steensel B

Cell 153: 178-192.

Download|2013

Genome-wide analysis reveals MOF as a key regulator of dosage compensation and gene expression in Drosophila.

Kind J, Vaquerizas JM [...] Bertone P and Akhtar A

Cell 133: 813-828.

Download|2008

Groepsleider

Jop Kind

Jop Kind is groepsleider bij het Hubrecht Institute, bijzonder hoogleraar Eencellige Epigenomica aan de Radboud Universiteit Nijmegen en Investigator bij Oncode Institute. Zijn groep onderzoekt de rol van chromatine en de architectuur van de celkern bij genregulatie en DNA-reparatie in gezonde en zieke cellen. De Kind groep ontwikkelt nieuwe technieken zoals de DamID and ^m6ATracer-technieken. Hiermee kunnen de onderzoekers genoomarchitectuur en eiwit-DNA-interacties bestuderen, in hoge resolutie en bij individuele cellen, uitgezet tegen tijd en ruimte van genexpressie.

Wetenschappelijke opleiding en posities