de Laat: Biomedische genetica

Met dank aan het werk van vele onderzoekers, waaronder die uit onze eigen groep, wordt de vorm van het genoom nu gezien als een belangrijke speler bij de controle van het aflezen van genetisch materiaal. Vooral de Chromosome Conformation Capture (3C)-technologieën hebben bijgedragen aan dit gegeven, en hebben een hiërarchische organisatie van het genoom aan het licht gebracht, die samenhangt met de regulatie van genexpressie. Enhancers, stukjes niet-coderende informatie in het genoom die de expressie van genen reguleren, beïnvloeden hun doelgenen door middel van 3D-chromatinelooping. Deze enhancers en loops zijn geordend in topologically associating domains (‘topologisch geassocieerde domeinen’, TADs): micro-omgevingen waarin genen en regulatoire elementen met elkaar in contact komen. In een groter verband clusteren deze TADs in actieve (A) en inactieve (B) compartimenten. Deze kunnen ook weer worden opgedeeld in subcompartimenten met elk een afzonderlijke opbouw van chromatine.

Eerder werk

Het grootste deel van ons onderzoek is gebaseerd op het begrijpen van genregulatie bij ontwikkeling en ziekte (b.v. kanker) en hoe dit wordt gecontroleerd door enhancers, niet-coderende regulatoire DNA-elementen, die op het lineaire chromosoom vaak niet in de buurt van de bijbehorende genen liggen. Eerder waren wij de eersten die de 3C-technologie aanpasten voor onderzoek naar DNA-topologie bij zoogdieren, en die aantoonden dat enhancers en promoters die ver van elkaar liggen elkaar beïnvloeden bij het reguleren van genen (Tolhuis, Mol Cell 2002; Palstra, Nat Genetics 2003). We waren ook de eerste onderzoeksgroep die aantoonden dat transcriptiefactoren chromatineloops mediëren (Drissen, Genes and Dev 2004). In 2006 waren wij de eersten die aantoonden dat CTCF chromatineloops vormt (Splinter, Genes and Dev 2006) en publiceerden wij de inmiddels veel gebruikte 4C-technologie (Simonis, Nat Genetics 2006).