Organoid groep: Organoïden uit volwassen stamcellen

Wnt-signalering bij volwassen stamcellen

Bij zoogdieren is fysiologische Wnt-signalering nauw betrokken bij de biologie van volwassen stamcellen en zelf-vernieuwende weefsels (18,19). Wij waren de eersten die Wnt-signalering koppelden aan volwassen stamcelbiologie, toen we aantoonden dat de verstoring van het TCF4-gen de vorming van crypten in de dunne darm verhindert (8), en dat knock-out van het TCF1-gen het stamcelcompartiment van de thymus ernstig uitschakelt (2). Het door TCF4 aangestuurde doelwitgen bij colorectale kankercellen is de kwaadaardige tegenhanger van een fysiologisch genprogramma in zelfvernieuwende crypts (13, 14, 21).

Lgr5-stamcelbiologie

Lgr5-positieve cryptestamcellen gedragen zich op onverwachte manieren: ze delen constant. De aantallen stamcellen blijven vast omdat stamcellen ‘neutraal’ concurreren voor niche-ruimte. Ze splitsen zich dus niet asymmetrisch (32), een fenomeen dat werd bevestigd door in vivo-beeldvorming (43). Dochters van de dunne darm-stamcellen, de Paneth-cellen, dienen als crypt niche-cellen door het verschaffen van Wnt-, Notch- en EGF-signalen (30). Door middel van een nieuw moleculair tijd-allel in combinatie met single cell sequencing kon de transcriptionele hiërarchie afstamming van de verschillende enteroendocriene cellen in kaart gebracht worden (56).

Het Wnt-doelwitgen dat codeert voor de transcriptiefactor Achaete scute-achtige 2 bestuurt het lot van de intestinale stamcel (26).

Lgr5 is de R-spondin-receptor

Lgr5 is te vinden in Wnt-receptorcomplexen en medieert de signalering van R-spondin-Wnt-agonisten (33), dat de unieke afhankelijkheid van Lgr5-stamcellen van verschillende epithelia op R-spondins in vivo en in vitro verklaart. Twee andere Wnt-doelgenen, RNF43 en ZNRF3, coderen voor stamcelspecifieke E3-ligasen die Wnt-receptoren neerwaarts reguleren. In een negatieve feedbacklus regelen ze de grootte van de stamcelzone (35). Onafhankelijk werk van het Feng Cong-lab heeft eerst aangetoond dat R-spondin, wanneer gebonden aan Lgr5, RNF43 / ZNRF3 afvangt en inactiveert.

Langdurige klonale kweek van organoïden uit Lgr5-stamcellen

Wnt-signalering heeft een interactie met de BMP- en Notch-cascades om proliferatie aan te sturen en differentiatie in intestinale crypten en adenomen te remmen (17, 20). Op basis van deze gecombineerde inzichten hebben we op Lgr5 / R-spondin gebaseerde kweeksystemen ontwikkeld die de uitgroei van enkele muizen- of menselijke Lgr5-stamcellen mogelijk maken in steeds groter wordende minidarmen (27, 31), miniemagen (28), darmkankerorganoïden (31, 48) leverorganoïden (39, 46), prostaatorganoïden (45), organoïden van borstkanker (53), organoïden van eierstokkanker (58) en organoïden die menselijke hepatocyten (55) en de menselijke nier in gezondheid en ziekte (57) vertegenwoordigen. Deze epitheelorganoïdeculturen zijn genetisch en fenotypisch extreem stabiel, wat transplantatie van de gekweekte nakomelingen van een enkele stamcel mogelijk maakt, evenals ziektemodellering door organoïden direct uit zieke patiëntenweefsels te laten groeien (31, 46, 53). De directe klonering van meerdere afzonderlijke cellen uit primaire tumoren maakt moleculaire en functionele analyse van tumorheterogeniteit mogelijk met een ongekende resolutie (54). Menselijke organoïden zijn gemakkelijk ontvankelijk voor CRISP-gemedieerde genoommodificatie om bijvoorbeeld maligne transformatie (48) en mutagenese na defect DNA-herstel te modelleren (52).

Organoïden van taaislijmziekte patiënten

In samenwerking met het Cystic Fibrosis Centrum in Utrecht is een functionele test opgezet voor het CFTR-kanaal, waarin gebruik wordt gemaakt van rectale organoïden. Forskolin opent het CFTR-kanaal, wat resulteert in een snelle zwelling van normale organoïden. Als proof-of-concept werd de CFTR-locus gerepareerd in individuele darmstamcellen van twee patiënten met taaislijmziekte, met behulp van CRISPR / Cas9-technologie in combinatie met homologe recombinatie. Gerepareerde stamcellen werden klonaal uitgebreid tot minidarmpjes en bleken een ​​functioneel CFTR-kanaal (43) te bevatten. De op organoïden gebaseerde zwellingstest is intussen de klinische praktijk geworden in Nederland om een ​​patiënt te identificeren met zeldzame mutaties die reageren op de Vertex-geneesmiddelen (“Cystic Fibrosis Patients benefit from Mini Guts”. A. Saini, Cell Stem Cell 2016). Daarom hebben we de non-profit HUB-stichting opgericht, die momenteel een biobank bouwt van alle 1500 Nederlandse CF-patiënten. Deze wordt gefinancierd door onze nationale verzekeringsmaatschappijen. De HUB onderhoudt ook grote biobanken van colon-, borst-, long- en alvleesklierorganoïden, toegankelijk voor de academische wereld en het bedrijfsleven.

Ander gebruik van organoïden

Tot slot worden organoïden (zoals voor het eerst beschreven door Prof. Y. Sasai voor pluripotente stamcellen en door ons voor volwassen stamcellen) steeds vaker gebruikt als onderzoeksgereedschap in steeds meer wetenschappelijke disciplines, zoals fundamentele ontwikkelings- en celbiologie, infectiologie, toxicologie en onderzoek naar erfelijke aandoeningen en kanker.

Key Publications 

1. van de Wetering, M., Oosterwegel, M., Dooijes, D. and Clevers, H., Identification and cloning of TCF-1, a T cell-specific transcription factor containing a sequence-specific HMG box. EMBO J. 10:123-132 (1991)
2. Verbeek, J.S., Ison, D., Hofhuis, F., Robanus-Maandag, E., te Riele, H., van de Wetering, M., Oosterwegel, M., Wilson, A., MacDonald, H.R. and Clevers, H. An HMG box containing T-cell factor required for thymocyte differentiation. Nature 374:70-74 (1995)
3. Schilham, M., Oosterwegel, M., Moerer, P., Jing, Y., de Boer, P., van de Wetering, M., Verbeek, S., Lamers, W., Kruisbeek, A., Cumano, A. and Clevers, H. Sox-4 gene is required for cardiac outflow tract formation and pro-B lymphocyte expansion. Nature 380:711-714 (1996)
4. Molenaar, M., van de Wetering, M., Oosterwegel, M., Peterson-Maduro, J., Godsave, S., Korinek, V., Roose, J., Destrée, O. and Clevers, H. Xtcf-3 Transcription factor mediates beta-catenin-induced axis formation in xenopus embryos. Cell 86:391-399 (1996)
5. Korinek, V, Barker, N., Morin, P.J., van Wichen, D., de Weger, R., Kinzler, K.W., Vogelstein, B. and Clevers, H. Constitutive Transcriptional Activation by a beta-catenin-Tcf complex in APC-/- Colon Carcinoma. Science 275:1784-1787 (1997)
6. Morin, P.J., Sparks, A., Korinek, V., Barker, N., Clevers, H., Vogelstein, B. and Kinzler, K., Activation of beta-catenin-Tcf signaling in colon cancer by mutations in beta-catenin or APC. Science 275:1787-1790 (1997)
7. van de Wetering, M., Cavallo, R., Dooijes, D., van Beest, M., van Es, J., Loureiro, J., Ypma, A., Hursh, D., Jones, T., Bejsovec, A., Peifer, M., Mortin, M. and Clevers, H. Armadillo co-activates transcription driven by the product of the Drosophila segment polarity gene dTCF. Cell 88:789-799 (1997)
8. Korinek, V., Barker, N., Moerer, P., van Donselaar, E., Huls, G., Peters, P.J. and Clevers, H. Depletion of epithelial stem cell compartments in the small intestine of mice lacking Tcf 4. Nat Genet 19:379-383 (1998)
9. Roose, J., Molenaar, M., Peterson, J., Hurenkamp, J., Brantjes, H., Moerer, P., van de Wetering, M., Destree, O. and Clevers, H. The Xenopus Wnt effector XTcf-3 interacts with Groucho-related transcriptional repressors. Nature 395:608-612 (1998)
10. Roose, J., Huls, G., van Beest, M., Moerer, P., van der Horn, K., Goldschmeding, R., Logtenberg, T. and Clevers, H. Synergie between tumor suppressor APC and the beta-catenin/Tcf4 target gene Tcf1. Science 285:1923-1926 (1999)
11. Korswagen, R., Herman, M. and Clevers, H. Separate beta-catenins mediate Wnt signaling and cadherin adhesion in C. elegans. Nature 406:527-532 (2000)
12. Bienz, M. and Clevers, H. Linking colorectal cancer to Wnt signaling. Cell 103:311-320 (2000)
13. van de Wetering, M., Sancho, E., Verweij, C., de Lau, W., Oving, I., Hurlstone, A., van der Horn, K., Batlle, E., Coudreuse, D., Haramis, A-P., Tjon-Pon-Fong, M., Moerer, P., van den Born, M., Soete, G., Pals, S., Eilers, M., Medema, R. and Clevers, H. The beta catenin/TCF4 complex imposes a crypt progenitor phenotype on colorectal cancer cells. Cell 111:241-250 (2002)
14. Batlle, E., Henderson, J.T., Beghtel, H., van den Born, M., Sancho, E., Huls, G., Meeldijk, J., Robertson, J., van de Wetering, M., Pawson, T. and Clevers, H. Beta- catenin and TCF mediate cell positioning in the intestinal epithelium by controlling the expression of EphB/ephrinB. Cell 111:251-263 (2002)
15. Hurlstone, A.F., Haramis, A.P., Wienholds, E., Begthel, H., Korving, J., van Eeden, F., Cuppen, E., Zivkovic, D., Plasterk, R.H. and Clevers, H. The Wnt/beta-catenin pathway regulates cardiac valve formation. Nature 425:633-637 (2003)
16. Baas, A.F., Kuipers, J., van der Wel, N.N., Batlle, E., Koerten, H.K., Peters, P.J. and Clevers, H. Complete polarization of single intestinal epithelial cells upon activation of LKB1 by STRAD. Cell 116:457-466 (2004)
17. Haramis, A.P., Begthel, H., van den Born, M., van Es, J., Jonkheer, S., Offerhaus, G.J. and Clevers, H. De novo crypt formation and Juvenile Polyposis upon BMP inhibition. Science 303:1684-1686 (2004)
18. Radtke, F. and Clevers, H. Self-renewal and cancer of the gut: Two sides of a coin. Review Science 307:1904-1909 (2005)
19. Reya, T. and Clevers, H. Wnt signalling in stem cells and cancer. Nature 434:843-850 (2005)
20. van Es, J.H., Van Gijn, M.E., Riccio, O., van den Born, M., Vooijs, M., Begthel, H., Cozijnsen, M., Robine, S., Winton, D.J., Radtke, F. and Clevers H. Notch pathway/γ-secretase inhibition turns proliferative cells in intestinal crypts and neoplasia into Goblet cells. Nature 435:959-963 (2005)
21. Batlle, E., Bacani, J., Begthel, H., Jonkheer, S., Gregorieff, A., van de Born, M., Malats, N., Sancho, E., Boon, E., Pawson, T., Gallinger, S., Pals, S. and Clevers, H. EphB activity suppresses colorectal cancer progression. Nature 435:1126-1130 (2005)
22. Clevers, H. Wnt/β-catenin signaling in development and disease, Review Cell 127:469-480 (2006)
23. Barker, N., Van Es, J.H., Kuipers, J., Kujala, P., Van den Born, M., Cozijnsen, M., Haegebarth, A., Korving, J., Begthel, H., Peters, P.J. and Clevers, H. Identification of stem cells in small intestine and colon by the marker gene LGR5. Nature 449:1003-1007 (2007)
24. Jaks, V., Barker, N, Kasper, M., van Es, J.H., Snippert, H.J., Clevers, H., Toftgård, R. Lgr5 marks cycling, yet long-lived, hair follicle stem cells. Nat Genet. 40:1291-1299 (2008)
25. Barker, N., Ridgway, R.A., van Es, J.H., van de Wetering, M., Begthel, H., van den Born, M., Danenberg, E., Clarke, A.R., Sansom, O.J. and Clevers, H. Crypt Stem Cells as the Cells-of-Origin of Intestinal Cancer. Nature 457:608-611 (2009)
26. van der Flier, L.G., van Gijn, M.E., Hatzis, P., Kujala, P., Haegebarth, A., Stange, D.E., Begthel, H., van den Born, M., Guryev, V., Oving, I., van Es, J.H., Barker, N., Peters, P.J., van de Wetering, M. and Clevers, H. Transcription Factor Achaete Scute-Like 2 Controls Intestinal Stem Cell Fate. Cell 136:903-912 (2009)
27. Sato, T., Vries, R., Snippert, H., van de Wetering, M., Barker, N., Stange, D., van Es, J., Abo, A., Kujala, P., Peters, P. and Clevers, H. Single lgr5 gut stem cells build crypt-villus structures in vitro without a stromal niche. Nature 459:262-265 (2009)
28. Barker, N., Huch, M., Kujala, P., van de Wetering, M., Snippert, H.J., van Es, J.H., Sato, T., Stange, D.E., Begthel, H., van den Born, M., Danenberg, E., van den Brink, S., Korving, J., Abo, A., Peters, P.J., Wright, N., Poulsom, R. and Clevers, H. Lgr5(+ve) stem cells drive self-renewal in the stomach and build long-lived gastric units in vitro. Cell Stem Cell 6:25-36 (2010)
29. Snippert, H.J., Haegebarth, A., Kasper, M., Jaks, V., van Es, J.H., Barker, N., van de Wetering, M., van den Born, M., Begthel, H., Vries, R.G., Stange, D.E., Toftgård, R. and Clevers H. Lgr6 marks stem cells in the hair follicle that generate all cell lineages of the skin. Science 327:1385-1389 (2010)
30. Snippert, J., van der Flier, L.G., Sato, T., van Es, J.H., van den Born, M., Kroon-Veenboer, C., Barker, N., Klein, A.M., van Rheenen, J. Benjamin D. Simons, B.D. and Clevers, H. Intestinal Crypt Homeostasis results from Neutral Competition between Symmetrically Dividing Lgr5 Stem Cells. Cell 143:134-44 (2010)
31. de Lau, W., Barker, N., Low, T.Y., Koo, B.K., Li, V.S., Teunissen, H., Kujala, P., Haegebarth, A., Peters, P.J., van de Wetering, M., Stange, D.E., van Es, J., Guardavaccaro, D., Schasfoort, R.B., Mohri, Y., Nishimori, K., Mohammed,S., Heck, A.J. and Clevers, H. Lgr5 homologues associate with Wnt receptors and mediate R-spondin signalling. Nature 476:293-297 (2011)
32. Sato T., Stange, D.E., Ferrante, M., Vries R.G., Van Es, J.H., van den Brink, S., van Houdt, W.J., Pronk, A, van Gorp, J., Siersema, P.D. and Clevers, H. Long-term expansion of epithelial organoids from human colon, adenoma, adenocarcinoma, and Barrett’s epithelium. Gastroenterology 141: 1762-1772 (2011)
33. Sato, T., van Es, J.H., Snippert, H.J., Stange, D.E., Vries, R.G., van den Born, M., Barker, N., Shroyer, N.F., van de Wetering, M. and Clevers, H. Paneth cells constitute the niche for Lgr5 stem cells in intestinal crypts. Nature 469:415-418 (2011)
34. Li, V.S., Ng, S.S., Boersema, P.J., Low, T.Y., Karthaus, W.R., Gerlach, J.P., Mohammed, S., Heck, A.J., Maurice, M.M., Mahmoudi, T. and Clevers, H. Wnt signaling inhibits proteasomal β-catenin degradation within a compositionally intact Axin1 complex. Cell 149:1245-1256 (2012)
35. Koo, B-K., Spit, M. Jordens, I., Low, T.Y., Stange, D.E., van de Wetering, M., van Es, J.H., Mohammed, S., Heck, A.J.R., Maurice, M.M. and Clevers, H. Tumour suppressor RNF43 is a stem cell E3 ligase that induces endocytosis of Wnt receptors. Nature 488:665-669 (2012)
36. Schepers, A.G., Snippert, H.J., Stange, D.E., van den Born, M., van Es, J.H., van de Wetering, M. and Clevers, H. Lineage Tracing Reveals Lgr5+ Stem Cell Activity in Mouse Intestinal Adenomas. Science 337:730-735 (2012)
37. van Es, J.H., Sato, T., van de Wetering, M., Lyubimova, A., Yee Nee, A.N., Gregorieff, A., Sasaki, N., Zeinstra, L., van den Born, M., Korving, J., Martens, A.C., Barker, N., van Oudenaarden, A. and Clevers, H. Dll1(+) secretory progenitor cells revert to stem cells upon crypt damage. Nat Cell Biol. 14:1099-1104 (2012)
38. Boj, S,F., van Es, J.H., Huch. M., Li, V.S., Jose, A., Hatzis, P., Mokry, M., Haegebarth, A., van den Born, M., Chambon, P., Voshol, P., Dor, Y., Cuppenm E., Fillat, C. and Clevers, H. Diabetes risk gene and Wnt effector Tcf7l2/TCF4 controls hepatic response to perinatal and adult metabolic demand. Cell 151:1595-1607 (2012)
39. Huch, M., Dorrell, C., Boj, S.F., van Es, J.H., van de Wetering, M., Li, V.S.W., Hamer, K., Sasaki, N., Finegold, M.J., Haft, A., Grompe, M. and Clevers, H. In vitro expansion of single Lgr5+ liver stem cells induced by Wnt-driven regeneration. Nature 494:247-250 (2013)
40. Sato, T. and Clevers, H. Growing self-organizing mini-guts from a single intestinal stem cell: mechanism and applications. Review Science 340:1190-1194 (2013)
41. Clevers, H. The intestinal crypt, a prototype stem cell compartment. Cell 154:274-284 (2013)
42. Stange, D.E., Koo, B.K., Huch, M., Sibbel, G., Basak, O., Lyubimova, A., Kujalla, P., Bartfeld, S., Koster, J., Geahlen, J.H., Peters, P.J., van Es, J., van de Wetering, M., Mills, J.C. and Clevers, H. Differentiated Troy+ chief cells act as ‘reserve’ stem cells to generate all lineages of the stomach epithelium. Cell 155:357-368 (2013)
43. Schwank, G., Koo, B.K., Sasselli, V., Dekkers, J.F., Heo, I., Demircan, T., Sasaki, N., Boymans, S., Cuppen, E., van der Ent, C.K., Nieuwenhuis, E.E., Beekman, J.M. and Clevers, H. Functional Repair of CFTR by CRISPR/Cas9 in Intestinal Stem Cell Organoids of Cystic Fibrosis Patients. Cell Stem Cell 13:653-658 (2013)
44. Ritsma, L., Ellenbroek, S.I., Zomer, A., Snippert, H.J., de Sauvage, F.J., Simons, B.D., Clevers, H. and van Rheenen, J. Intestinal crypt homeostasis revealed at single-stem-cell level by in vivo live imaging. Nature 507:362-365 (2014)
45. Karthaus, W.R., Iaquinta, P.J., Drost, J., Gracanin, A., van Boxtel, R., Wongvipat, J., Dowling, C.M., Gao, D., Begthel, H., Sachs, N., Vries, R.G., Cuppen, E., Chen, Y., Sawyers, C.L. and Clevers, H. Identification of Multipotent Luminal Progenitor Cells in Human Prostate Organoid Cultures. Cell 159:163-175 (2014)
46. Huch, M., Gehart, H., van Boxtel, R., Hamer, K., Blokzijl, F., Verstegen, M., Ellis, E., van Wenum, M., Fuchs, S., de Ligt, J., van de Wetering, M., Sasaki, N., Boers, S., Kemperman, H., de Jonge, J. IJzermans, J., Niewenhuis, E., Hoekstra, R., Strom, S., Vries, R., van der Laan, L., Cuppen, E. and Clevers, H. Long-term culture of genome-stable bipotent stem cells from adult human liver. Cell 160:299-312 (2015)
47. van de Wetering, M., Francies, H.E., Francis, J.M., Bounova, G., Lorio, F., Pronk, A., van Houdt, W., van Gorp, J., Taylor-Weiner, A., Kester, L., McLaren-Douglas, A., Blokker, J., Jaksani, S., Bartfeld, S., Volckman, R., van Sluis, P., Li, V.S.W., Seepo, S., Sekhar Pedamallu, C., Cibulskis, C., Carter, S.L., McKenna, A., Lawrence, M.S., Lichtenstein, L., Stewart, C., Koster, J., Versteeg, R., van Oudenaarden, A., Saez-Rodriguez, J., Vries, R.G.J., Getz, G., Wessels, L., Stratton, M.R., McDermott, U., Meyerson, M., Garnett, M.J and Clevers, H. Prospective derivation of a ‘Living Organoid Biobank’ of colorectal cancer patients. Cell 161:933-945 (2015)
48. Boj, S.F., Hwang, C.I., Baker, L.A., Chio, I.I., Engle, D.D., Corbo, V., Jager, M., Ponz-Sarvise, M., Tiriac, H., Spector, M.S., Gracanin, A., Oni, T., Yu, K.H., van Boxtel, R., Huch, M., Rivera, K.D., Wilson, J.P., Feigin, M.E., Öhlund, D., Handly-Santana, A., Ardito-Abraham, C.M., Ludwig, M., Elyada, E., Alagesan, B., Biffi, G., Yordanov, G.N., Delcuze, B., Creighton, B., Wright, K., Park, Y., Morsink, F.H., Molenaar, I.Q., Borel Rinkes, I.H., Cuppen, E., Hao, Y., Jin, Y., Nijman, I.J., Iacobuzio-Donahue, C., Leach, S.D., Pappin, D.J., Hammell, M., Klimstra, D.S., Basturk, O., Hruban RH, Offerhaus GJ, Vries RG, Clevers H, Tuveson DA. Organoid models of human and mouse ductal pancreatic cancer. Cell 160: 324-338 (2015)
49. Drost, J., van Jaarsveld, R.H., Ponsioen, B., Zimberlin, C., van Boxtel, R., Buijs, A., Sachs, N., Overmeer, R.M., Offerhaus, G.J., Begthel, H. Korving, J., van de Wetering, M., Schwank, G. Logtenberg, M., Cuppen, E., Snippert, H.J., Medema, J.P., Kops, G.J.P.L. and Clevers, H. Sequential cancer mutations in cultured human intestinal stem cells. Nature 521:43-47 (2015)
50. Farin, H.F., Jordens, I., Mosa, M.H., Basak, O., Korving, J., Tauriello, D.V.F., de Punder, K., Angers, S., Peters, P.J. Maurice, M.M. and Clevers, H. Visualization of the short-range Wnt gradient in the intestinal stem cell niche. Nature 530:340-343 (2016)
51. Clevers, H. Modeling development and disease with organoids. Cell 165:1586-1597 (2016)
52. Drost, J., van Boxtel, R., Blokzijl, F., Mizutani, T., Sasaki, N., Sasselli, V., de Ligt, J., Behjati, S., Grolleman, J.E., van Wezel, T., Nik-Zainal, S., Kuiper, R.P., Cuppen, E. and Clevers, H. Use of CRISPR-modified human stem cell organoids to study the origin of mutational signatures in cancer. Science 358:234-238 (2017)
53. Sachs, N., de Ligt, J., Kopper, , Gogola E., Bounova G., Weeber, F., Balgobind, A.V., Wind, K., Gracanin, A., Begthel, H., Korving, J., van Boxtel, R., Duarte, A.A., Lelieveld, D., van Hoeck, A., Ernst, R.F., Blokzijl, F., Nijman, I.J., Hoogstraat, M., van de Ven, M., Egan, D.A., Zinzalla, V., Moll, J., Boj, S.F., Voest, E.E., Wessels, L., van Diest, P.J., Rottenberg, S., Vries, R.G.J., Cuppen, E. and Clevers, H. A Living Biobank of Breast Cancer Organoids Captures Disease Heterogeneity. Cell 172:373-386 (2018)
54. Roerink, S., Sasaki, N., Lee-Six, H., Young, M., Alexandrov, L., Behjati, S., Mitchell, T., Grossmann, S., Lightfoot, H., Egan, D., Pronk, A., Smakman, N., van Gorp, J., Anderson, E., Gamble, S., Alder, C., van de Wetering, M., Campbell, P., Stratton, M. and Clevers, H. Intra-tumour diversification in colorectal cancer at the single-cell level. Nature 556:457-462 (2018)
55. Heo, I., Dutta,, Schaefer, D.A., Lakobachvili, N., Artegiani, B., Sachs, N., Boonekamp, K.E., Bowden, G., Hendrickx, A.P.A., Willems, R.J.L., Peters, P.J., Riggs, M.W., O’Connor, R. and Clevers, H. Modelling Cryptosporidium infection in human small intestinal and lung organoids. Nat Microbiol. 3:814-823 (2018)
56. Hu, H., Gehart, H., Artegiani, B., Löpez-Iglesias, C., Dekkers, F., Basak, O., van Es, J., Chuva de Sousa Lopes, S.M., Begthel, H., Korving, J., van den Born, M., Zou, C., Quirk, C., Chiriboga, L., Rice, C.M., Ma, S., Rios, A., Peters, P.J., de Jong, Y.P. and Clevers, Long-Term Expansion of Functional Mouse and Human Hepatocytes as 3D Organoids. Cell 175:1591-1606 (2018)
57. Tuveson, D. and Clevers, Cancer modeling meets human organoid technology. Science 364:952-955 (2019)
58. Gehart, H., van Es, J.H., Hamer, K., Beumer, J., Kretzschmar, K., Dekkers, J.F., Rios, A. and Clevers, Identification of Enteroendocrine Regulators by Real-Time Single-Cell Differentiation Mapping. Cell 176:1158-1173 (2019)
59. Kopper , O., de Witte, C.J., Lõhmussaar, K., Valle-Inclan, J.E., Hami, N., Kester, L., Balgobind, A.V., Korving, J., Proost, N., Begthel, H., van Wijk, L.M., Revilla, S.A., Theeuwsen, R., van de Ven, M., van Roosmalen, M.J., Ponsioen, B., Ho, V.W.H., Neel, B.G., Bosse, T., Gaarenstroom, K.N., Vrieling, H., Vreeswijk, M.P.G., van Diest, P.J., Witteveen, P.O., Jonges, T., Bos, J.L., van Oudenaarden, A., Zweemer, R.P., Snippert, H.J.G., Kloosterman, W.P. and Clevers, An organoid platform for ovarian cancer captures intra- and interpatient heterogeneity. Nat Med. 25:838-849 (2019)
60. Tuveson, D. and Clevers, H. Cancer modeling meets human organoid technology. Science 364:952-955 (2019)
61. Post, Y., Puschhof, J., Beumer, J., Kerkkamp, H.M., de Bakker, M.A.G., Slagboom, J., de Barbanson, B., Wevers, N.R., Spijkers, X.M., Olivier, T., Kazandjian, T.D., Ainsworth, S., Iglesias, C.L., van de Wetering, W.J., Heinz, M.C., van Ineveld, R.L., van Kleef, R.G.D.M., Begthel, H., Korving, J., Bar-Ephraim, Y.E., Getreuer, W., Rios, A.C., Westerink, R.H.S., Snippert, H.J.G., van Oudenaarden, A., Peters, P.J., Vonk, F.J., Kool, J., Richardson, M.K., Casewell, N.R. and Clevers, Snake Venom Gland Organoids. Cell 180:233-247 (2020)
62. Artegiani, B., Hendriks, D., Beumer, J., Kok, R., Zheng, X., Joore, I., Chuva de Sousa Lopes, S., van Zon, J., Tans, S. and Clevers, H. Fast and efficient generation of knock-in human organoids using homology-independent CRISPR-Cas9 precision genome editing. Nat Cell Biol. 22:321-331 (2020)
63. Pleguezuelos-Manzano, C., Puschhof, J., Huber, A.R., van Hoeck, A., Wood, H.M., Nomburg, J., Gurjao, C., Manders, F., Dalmasso, G., Stege, P.B., Paganelli, F.L., Geurts, M.H., Beumer, J., Mizutani, T., van der Linden, R., van Elst, S.; Genomics England Research Consortium, Top J., Willems, R.J.L., Giannakis, M., Bonnet, R., Quirke, P., Meyerson, M., Cuppen, E., van Boxtel, R. and Clevers, H. Mutational signature in colorectal cancer caused by genotoxic pks₊ coli. Nature 580:269-273 (2020)
64. Geurts, M.H., de Poel, E., Amatngalim, G.D., Oka, R., Meijers, F.M., Kruisselbrink, E., van Mourik, P., Berkers, G., de Winter-de Groot, K.M., Michel, S., Muilwijk, D., Aalbers, B.L., Mullenders, J., Boj, S.F., Suen, S.W.F., Brunsveld, J.E., Janssens, H.M., Mall, M.A., Graeber, S.Y., van Boxtel, R., van der Ent, C.K., Beekman, J.M. and Clevers, H. CRISPR-Based Adenine Editors Correct Nonsense Mutations in a Cystic Fibrosis Organoid Biobank. Cell Stem Cell 26:503-510 (2020)
65. Lamers, M.M., Beumer, J., van der Vaart, J., Knoops, K., Puschhof, J., Breugem, T.I., Ravelli, R.B.G., van Schayck, J.P., Mykytyn, A.Z., Duimel, H.Q., van Donselaar, E., Riesebosch, S., Kuijpers, H.J.H., Schipper, D., van de Wetering, W.J., de Graaf, M., Koopmans, M., Cuppen, E., Peters, P.J., Haagmans, B.L. and Clevers, H. SARS-CoV-2 productively Infects Human Gut Enterocytes. Science 369:50-54 (2020)
66. Beumer, J., Puschhof, J., Bauzá-Martinez, J., Martínez-Silgado, A., Elmentaite, R., James, K.R., Ross, A., Hendriks, D., Artegiani, B., Busslinger, G., Ponsioen, B., Andersson-Rolf, A., Saftien, A., Boot, C., Kretzschmar, K., Geurts, M.H., Bar-Ephraim, Y.E., Pleguezuelos Manzano, C., Post, Y., Begthel, H., van der Linden, F., Lopez-Iglesias, C., van de Wetering, W.J., van der Linden, R., Peters, P.J., Heck, A.J.R., Goedhart, J., Snippert, H., Zilbauer, M., Teichmann, S.A., Wu, W. and Clevers, H. High Resolution mRNA and Secretome Atlas of Human Enteroendocrine Cells. Cell 181:1291-1306 (2020)
67. Lohmussaar K., Oka R., Espejo Valle-Inclan J., Veersema S., […] van Boxtel R., Clevers H. Patient-derived organoids model cervical tissue dynamics and viral oncogenesis in cervical cancer. Cell Stem Cell 28:1-17 (2021)
68. Bannier-Hélaouët M., Post Y., Korving J. […] Imhoff S., Clevers H. Exploring the human lacrimal gland using organoids and single-cell sequencing. Cell Stem Cell 28:1-12 (2021)