Nieuwe technologie voor verbeterde opsporing van klinisch relevante chromosomale herschikkingen in tumoren

Alle cellen in ons lichaam bevatten chromosomen die ons genetisch materiaal dragen. Wanneer er een verandering optreedt in de organisatie van de chromosomen wordt dit een chromosomale herschikking genoemd. Dergelijke herschikkingen kunnen plaatsvinden in de vorm van een translocatie, wat betekent dat een deel van een chromosoom wordt overgebracht naar een ander chromosoom. Andere voorbeelden van chromosomale herschikkingen zijn deleties – een deel van het genetisch materiaal ontbreekt – of duplicaties – een deel van het genetisch materiaal is verdubbeld.

Klinische relevantie

Sommige chromosomale herschikkingen zijn klinisch relevant: ze kunnen leiden tot genetische ziekten of kanker. Lymfoom, kanker van het lymfestelsel, kan ontstaan door translocaties of andere chromosomale herschikkingen. Het opsporen van deze klinisch relevante genetische veranderingen is belangrijk voor een juiste diagnose van lymfoom. Onderzoekers van de groep van de Wouter de Laat ontwikkelden daarom, in samenwerking met biotechnologiebedrijf Cergentis en lymfoomexperts van 5 Nederlandse ziekenhuizen, nieuwe technologie voor verbeterde detectie van chromosomale herschikkingen in lymfatische tumoren.

Nieuwe technologie

De technologie genaamd FFPE-TLC stelt onderzoekers in staat om translocaties en andere chromosomale herschikkingen te detecteren met verhoogde sensitiviteit en specificiteit. Daarnaast ontwikkelden ze het PLIER-algoritme, dat de detectie van deze veranderingen in het genetisch materiaal van patiënten automatiseert. Hiermee verbeteren de onderzoekers de diagnostiek van lymfoom aanzienlijk.

Verbeterde diagnostiek

De studie, gepubliceerd in Nature Communications, analyseert 149 tumormonsters van patiënten met lymfoom en toont aan dat FFPE-TLC duidelijke voordelen heeft ten opzichte van FISH – de methode voor translocatiedetectie die momenteel het meest gebruikt wordt. FFPE-TLC levert niet alleen meer informatie op, het laat ook een betere gevoeligheid en hogere resolutie zien.

“De FFPE-TLC aanpak belooft de diagnostiek van lymfoom te verbeteren en kan ook relevant zijn voor de detectie van chromosomale herschikkingen bij andere vormen van kanker, zoals sarcoom en long- en prostaatkanker. Onze samenwerking brengt het veld dan ook een grote stap voorwaarts,” besluit Wouter de Laat, hoofdonderzoeker van het project.

Publicatie

Robust detection of translocations in lymphoma FFPE samples using targeted locus capture-based sequencing. Amin Allahyar et al., Nature Communications (2021).